高三尖杉酯碱的副作用包括白细胞数下降，有时出现恶心、呕吐、厌食、口干等胃肠道症状，还可出现脱发、皮疹等，严重者可出现过敏性休克。高三尖杉酯碱对个别病人有心肌损伤及肝肾损害的副作用。静脉滴注高三尖杉酯碱时宜从小剂量开始，缓慢滴注，如果出现心肌损害、血压下降等情况，应立即停药。

高三尖杉酯碱会导致白细胞，特别是中性粒细胞明显减少。使用高三尖杉酯碱化疗可引起多种副作用，主要表现为骨髓功能的抑制，高三尖杉酯碱化疗可导致白细胞，尤其是中性粒细胞明显减少，而当中性粒细胞明显下降时，可能会继发感染，有些患者会出现红细胞和血红蛋白明显减少的情况，表现为贫血的症状，甚至需要输血治疗。建议保持健康生活。